Honduras je nezávislá republika prezidentského typu. Státní zřízení sestává ze tří nezávislých mocí: zákonodárné, výkonné a soudní. Hlava státu (současně předseda vlády) prezident volený společně s viceprezidentem prostou většinou v přímých volbách na funkční období 4 let, bez možnosti znovuzvolení. Zákonodárná moc jednokomorový Národní kongres (Congreso Nacional) se 128 poslanci volenými v přímých volbách na funkční období 4 let. Výkonná moc prezident/předseda vlády, viceprezident, kabinet Prezident a viceprezident jsou voleni v prezidentských volbách, ministry jmenuje prezident. Soudní moc je nezávislá a vykonává ji Nejvyšší soud (Corte Suprema), 15 soudců je volených na období 7 let Národním kongresem. Výběrem soudců je pověřena zvláštní komise složená z právníků, politiků, poslanců a zástupců občanské společnosti. Vedle toho existuje odvolací soud a místní soudy. Platná ústava pochází z 20.1. 1982, poslední reforma provedena v roce 2002. Volby jsou všeobecné, hlasovací právo mají všichni honduraští občané starší 18 let. Volby prezidenta a poslanců se konají ve stejný den na základě hlasování na o ddělených hlasovacích lístcích. Zvláštní postavení nezávislé postavení na uvedených mocích má ministerstvo veřejné správy (Ministerio Público), vytvořené v roce 1994, které dohlíží na dodržování ústavnosti a vykonává tak funkci ombudsmana. V čele je generální prokurátor ( Fiscal General ). Autonomní postavení mají některé významné vládní instituce, jako např. Nejvyšší volební soud (Tribunal Supremo Electoral), mající na starosti dohled nad konáním voleb a referend, Nejvyšší kontrolní soud (Tribunal Superior de Cuentas) a Nejvyšší státní zastupitelství (Procuraduría General de la República) atd. Armáda je vedle námořních sil a letectva součástí Honduraských ozbrojených sil (Fuerzas Armadas de Honduras). Po dlouhou dobu si armáda udržovala privilegované postavení v zemi. Armádní důstojníci založili tzv. Institut vojenského zabezpečení (Instituto de Previsión Militar - IPM), který se stal nejvlivnější institucí v zemi: vlastnil pozemky , budovy a měl monopol na nákup a prodej zbraní. Vliv armády poklesl za vlády prezidenta C. Reiny (1994-98), kdy se vojenská služba s tala dobrovolnou, početní stav armády byl snížen (ročně ji vykonává cca 77 tisíc osob) a její řízení se dostalo pod kontrolu vlády jmenováním civilního ministra obrany. Činnost armády je nyní omezena na aktivity zaměřené především na národní bezpečnost, boj proti kriminalitě, na boj proti ilegálnímu obchodu se zbraněmi, proti pašování drog a na ochranu životního prostředí. Odbory v domácí politice začaly hrát významnou roli zvláště od roku 1954, kdy vypukla celonárodní stávka pracovníků banánových plantáží. V odborech je organizováno zhruba 20 % pracovních sil, čímž se Honduras řadí v rámci Střední Ameriky k zemím s nejvyšším podílem odborové organizovanosti. Největší stupeň o rganizovanosti mají státní zaměstnanci, pracovníci banánových plantáží, učitelé a lékaři.

Hlavní politické strany:

• Liberální strana - Partido Liberal (PL) - vládní strana, strana levého středu. Založena v roce 1884
• Národní strana - Partido Nacional (PN) - pravicová. Založena roku 1902
• Strana demokratické sjednocení - Partido Unificación Democrática (UD) - založená v roce 1994
• Křesťansko demokratická strana Hondurasu - Partido Demócrata Cristiano de Honduras (PDC) - strana pravého středu, založená 1968 jako Křesťansko demokratické hnutí
• Strana obnovy a sociálně demokratické jednoty - Partido de Innovación y Unidad Social Demócrata (PINU-SD) - strana levého středu, založená 1970

PN a PL jsou tradičně nejsilnějšími politickými stranami v zemi, proto se nepravidelně střídají u moci. Od roku 1981 se uskutečnilo již 7 prezidentských voleb, z toho v 5 případech vyhrála PL (1981, 1985, 1993, 1997 a 2005) ve 2 případech PN (1989 a 2001). Ostatní 3 parlamentní strany, které patří k levému středu, jsou méně významné.